الرافضي الميلاني يعتقد أن هناك قرآن آخر غير الموجود عند المسلمين،واسمه "قرآن علي" وأن ترتيب السور فيه مخالف لقرآننا وأنه موجود عند المهدي،وأن الصحابة رفضوه.
قال في كتابه:"عدم تحريف القرآن!!!!" ص37-38:
" صحيح أنّ أمير المؤمنين (عليه السلام) جمع القرآن، وقد أشرت إلى هذا من قبل، فالامام جاء بالقرآن إليهم، فرفضوه، وهذا أيضاً موجود، كان لعلي قرآن، هذا موجود والكل يذكره، علي جمع القرآن الكل يذكره، حتى جاء في فهرست النديم أيضاً أنّ قرآن علي كان موجوداً عند أحد علماء الشيعة الكبار في عصر النديم، عدم تحريف القرآن للسيد علي الحسيني الميلانيأتذكر يقول: رأيته عند أبي يعلى الجعفري، فهذا القرآن الان موجود عند الامام الحجة عجّل الله تعالى فرجه كسائر المواريث الموجودة عنده. ويختلف هذا القرآن عن القرآن الموجود الان في الترتيب أوّلاً، ويختلف عن القرآن الموجود في أنّ عليّاً قد أضاف في هوامش الايات بعض الفوائد التي سمعها من النبي والمتعلّقة بتلك الايات، ذكرها في الهوامش.
أمّا أن يكون ذلك القرآن يختلف عن هذا القرآن في ألفاظه أي في سور القرآن ومتن القرآن، هذا غير ثابت عندنا، غاية ما هناك أنّه يختلف مع هذا القرآن الموجود في الترتيب، وفي أنّ فيه إضافات أمير المؤمنين تتعلّق بالايات وقد سمعها من النبي، فكتبها في هوامش تلك الايات، إذن، هذا الموضوع لا علاقة له بمسألة نقصان القرآن.
وهذا القرآن موجود عند الامام الثاني عشر (عليه السلام) كما في رواياتنا".
